Tek basma bir nötür atomda elektron sayısı atom nu­marasına eşittir; ancak aynı atomun elek­triksel açıdan yüklü durumda olan iyonun­da elektronlar ya fazladır, ya da azdır (atom numarasına göre). Çekirdekteki nöt­ron sayısı (N) aynı elementin farklı atom­ları arasında bile değişebilir. Aynı elemen­tin nötron sayıları farklı olan bu çeşitleri, İzotop olarak adlandırılmaktadır. Dayanıklı izotopların hemen îümündeki nötron sayısı, proton sayısından hafifçe daha yük­sektir. Çekirdek küçük olmasına karşılık, atomun hemen tüm kütlesini oluşturmak­tadır, protonların ve nötronların kütleleri birbirine yakındır. Elektronların kütlesi ise (proton kütlesinin yaklaşık % 0,05′i kadar­dır) ihmal edilebilir değerdedir. Proton küt-, leşi bir olarak kabul edilirse, atom kütle­sinin, içindeki proton ve nötronların top­lam sayısına kabaca eşit olduğunu söyle­yebiliriz. Z+N ile gösterilen bu sayı, ato­mun kütle numarası (A) olarak adlandırıl­maktadır. Çekirdek reaksiyonlarını temsi-ien yazılan1 eşitliklerde, bir atomun atom numarası, genellikle onun altına ve ondan Önce; kütle numarası ise onun üstüne ve ondan sonra gelecek şekilde yazılır. Böy­lece kütle numarası 16, içerdiği proton sa­yısı 8 olan ve “oksijen-16″ atomuna ait atom çekirdeği eO16 olarak yazılır. Bir ele­mentin doğal olarak bulunan izotoplarının ortalama kütle numaralan, bağıl bulunma miktarlarına göre değerlendirildiğinde, o elementin kimyasal atom ağırlığını verir. Bir atomun çekirdeği içerisine sokulan su­batomik partiküller, ya o elementin farklı bir izotopunun, ya da farklı bir elemente ait atomların meydana gelmesine yol açan çekirdek reaksiyonlarına neden olurlar ve bu sırada alfa partikülleri, beta ışınları ya da gamma ışınları yayarlar, (Alfa Par­tikülleri; Beta Işınları; Gamma Işınlan).
Atomu, bölünmesi olanaksız bir bütün olarak gören görüş ilk.kez; John Dalton ta­rafından ortaya atılan kimyasal atom teo­risinde ileri sürülmüştür (1808). Ancak günümüzde kimyacılar maddenin doğal kimyasal biriminin atom değil, molekül ol­duğunu farketmiş durumdadırlar. Atom çe­kirdekleri moleküllerin omurgasını oluştu­rur. Ancak maddenin kimyasal davranışla­rından, bireysel atomların özelliklerinden çok, bu atom çekirdekleriyle birlikte bulu­nan değerlik elektronları arasındaki karşı­lıklı ilişkiler sorumludur ( Molekül)

Uluslararası organik bileşikleri adlandırma kuralları şöyle özetlenebilir:

Bileşiğin adı isteğe bağlı bir önek, bir gövde ve bir sonek-ten oluşur. Sonek, bileşiğin yer aldığı benzeşik diziyi (sözgelimi -an alkanları, -anol alkolleri ve -anal aldehitleri) belirtir. Gövdeyse, molekül içindeki uzun karbon zincirinde bulunan karbon atomları sayısını gösterir: Met-1 karbon atomunu, et-2 karbon atomunu, prop-3 karbon atomunu belirtir, önekse, moleküldeki yerleşimleri ve özellikleri verir. Örnek olarak, C4H|[) molekül formüllü, iki izomerden CH^CH^CH^CH-i izomerine bütan adı verilir, büt-öneki 4 karbon atomu bulunduğunu, -an sonekiyse alkan olduğunu belirtir. (CH:])ACH izomerineyse 2-metil propan adı verilir.

Uranyum 235′in bolluk oranı yalnızca % 0,71 olmakla birlikte, fısyona uğrayabilen tek doğal izotoptur; yani, yavaş bir nötronla bölünerek küçük çekirdekler verir ve enerji açığa çıkarır.

Fisyon işlemi ayrıca, başka çekirdeklerde fisyon başlatarak bir zincirleme tepkimeye yol açan başka nötronlar üretir. Daha bol (% 99,28) olan uranyum 238, üretici reaktörlerde plütonyum elde edilmesinde kullanılır.